| Summary: | En el suelo habitan una gran cantidad de organismos que desarrollan diversas funciones ecológicas, muchas de las cuales son importantes para el crecimiento y desarrollo de las plantas. De estas especies menos del 1% han sido cultivadas o caracterizadas, siendo el suelo uno de los ecosistemas más diversos y menos estudiados del planeta. Para comprender y aprovechar los efectos favorables de los microorganismos del suelo, es necesario primero conocerlos y caracterizarlos. El presente estudio se realizó, con el objetivo de determinar si existen diferencias entre la diversidad y estructura de las comunidades microbianas del suelo en cultivos de cacao y café manejados de forma orgánica y convencional. El trabajo se llevó a cabo analizando 6 pares de muestras de suelo en los primeros 10 cm de la zona rizosférica, a partir de las cuales se extrajo el ADN metagenómico. Fragmentos de ADN ribosomal 16S (de bacterias) y de la región ITS (de hongos) fueron amplificadas por PCR, con cebadores universales. Además, mediante la técnica de DGGE se obtuvieron imágenes de los perfiles de diversidad. A partir de estos perfiles, se estimaron índices de diversidad y las estructuras de las comunidades bacterianas y fúngicas de las muestras, fueron comparadas usando análisis de agrupamiento jerárquicos. Los resultados obtenidos no muestran diferencias significativas a nivel de las comunidades microbianas ni tampoco en las propiedades físico-químicos entre los dos sistemas de manejo evaluados.
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