“Implementación y evaluación de un ensayo de PCR para la detección del agente causal de la quitridiomicosis”
La quitridiomicosis es una enfermedad emergente que ha causado la disminución a nivel mundial de al menos 500 especies de anfibios. Desde la descripción de su agente causal, Batrachochytrium dendrobatidis, se han desarrollado varias técnicas de diagnóstico, entre ellas la más utilizada la prueba de...
| Main Author: | |
|---|---|
| Other Authors: | |
| Format: | bachelorThesis |
| Language: | spa |
| Published: |
2019
|
| Subjects: | |
| Online Access: | http://dspace.ucuenca.edu.ec/handle/123456789/33383 |
| _version_ | 1785802355310067712 |
|---|---|
| author | Torres Sarango, Noemí Gabriela |
| author2 | Vallecillo Maza, Antonio Javier |
| author_facet | Vallecillo Maza, Antonio Javier Torres Sarango, Noemí Gabriela |
| author_sort | Torres Sarango, Noemí Gabriela |
| collection | DSpace |
| description | La quitridiomicosis es una enfermedad emergente que ha causado la disminución a nivel mundial de al menos 500 especies de anfibios. Desde la descripción de su agente causal, Batrachochytrium dendrobatidis, se han desarrollado varias técnicas de diagnóstico, entre ellas la más utilizada la prueba de reacción en cadena de la polimerasa (PCR). En Ecuador, son pocas las instituciones que realizan el diagnóstico confiable de este patógeno. En el presente trabajo se desarrolló una prueba de PCR convencional múltiple, que detecta material genético del hongo y de anfibios. Se hicieron varios ensayos para comprobar el rendimiento de los cebadores universales de anfibios y del hongo a partir de muestras de ranas y establecer así un protocolo para el diagnóstico. El par de oligonucleótidos ANFFor/ANFRev fue usado para la amplificación de ADN de anfibios y Bd1a/Bd2a para el hongo. La amplificación de material genético de anfibios funcionó como un control de proceso, permitiéndonos saber si la muestra fue tomada adecuadamente y si la extracción de ADN, previo a la amplificación, fue la apropiada. El ensayo para el diagnóstico se realizó en 85 muestras de ranas de cinco localidades del Azuay. Se evaluó la sensibilidad y especificidad diagnósticas del ensayo, comparando los resultados con los obtenidos bajo la prueba de PCR en tiempo real, en la que se utilizó los cebadores ITS1-3Bd/5.8SBd. Se obtuvo un 14,29 % de sensibilidad y un 95% de especificidad. La prevalencia de la enfermedad fue obtenida según los resultados de la PCR en tiempo real y fue del 25,93 %. |
| format | bachelorThesis |
| id | oai:dspace.ucuenca.edu.ec:123456789-33383 |
| institution | Universidad de Cuenca |
| language | spa |
| publishDate | 2019 |
| record_format | dspace |
| spelling | oai:dspace.ucuenca.edu.ec:123456789-333832020-08-03T15:15:01Z “Implementación y evaluación de un ensayo de PCR para la detección del agente causal de la quitridiomicosis” Torres Sarango, Noemí Gabriela Vallecillo Maza, Antonio Javier Medicina Veterinaria Quitridiomicosis Anfibios La quitridiomicosis es una enfermedad emergente que ha causado la disminución a nivel mundial de al menos 500 especies de anfibios. Desde la descripción de su agente causal, Batrachochytrium dendrobatidis, se han desarrollado varias técnicas de diagnóstico, entre ellas la más utilizada la prueba de reacción en cadena de la polimerasa (PCR). En Ecuador, son pocas las instituciones que realizan el diagnóstico confiable de este patógeno. En el presente trabajo se desarrolló una prueba de PCR convencional múltiple, que detecta material genético del hongo y de anfibios. Se hicieron varios ensayos para comprobar el rendimiento de los cebadores universales de anfibios y del hongo a partir de muestras de ranas y establecer así un protocolo para el diagnóstico. El par de oligonucleótidos ANFFor/ANFRev fue usado para la amplificación de ADN de anfibios y Bd1a/Bd2a para el hongo. La amplificación de material genético de anfibios funcionó como un control de proceso, permitiéndonos saber si la muestra fue tomada adecuadamente y si la extracción de ADN, previo a la amplificación, fue la apropiada. El ensayo para el diagnóstico se realizó en 85 muestras de ranas de cinco localidades del Azuay. Se evaluó la sensibilidad y especificidad diagnósticas del ensayo, comparando los resultados con los obtenidos bajo la prueba de PCR en tiempo real, en la que se utilizó los cebadores ITS1-3Bd/5.8SBd. Se obtuvo un 14,29 % de sensibilidad y un 95% de especificidad. La prevalencia de la enfermedad fue obtenida según los resultados de la PCR en tiempo real y fue del 25,93 %. Chytridiomycosis is an emerging disease that has caused worldwide decline of at least 500 species of amphibians. Since the description of the causative agent of this mycosis, Batrachochytrium dendrobatidis, several diagnostic techniques have been developed, among them the most used is the polymerase chain reaction (PCR) test. In Ecuador, there are few institutions in which reliable diagnosis of this pathogen can be made. In the present work a multiple conventional PCR test was developed, which detects genetic material of the fungus and amphibians. Several tests were conducted to verify the performance of the universal amphibian primers and the fungus from frog samples and thus establish a protocol for diagnosis. The ANFFor/ANFRev oligonucleotide pair was used for amplification of amphibian DNA and Bd1a/Bd2a for the fungus The amplification of amphibian genetic material functioned as a process control, allowing us to know if the sample was taken properly and if the DNA extraction, prior to amplification, was appropriate. The diagnostic test was conducted in 85 frog samples from five locations in Azuay. The diagnostic sensitivity and specificity of the assay was evaluated, comparing the results with those obtained under the real-time PCR test, in which ITS1-3Bd/5.8SBd primers were used. A 14.29% sensitivity and 95% specificity were obtained. The prevalence of the disease was obtained according to the results of the real-time PCR and was 25.93%. Médico Veterinario Zootecnista Cuenca 2019-09-10T23:34:25Z 2019-09-10T23:34:25Z 2019-09-09 bachelorThesis http://dspace.ucuenca.edu.ec/handle/123456789/33383 spa TV;353 application/pdf application/pdf |
| spellingShingle | Medicina Veterinaria Quitridiomicosis Anfibios Torres Sarango, Noemí Gabriela “Implementación y evaluación de un ensayo de PCR para la detección del agente causal de la quitridiomicosis” |
| title | “Implementación y evaluación de un ensayo de PCR para la detección del agente causal de la quitridiomicosis” |
| title_full | “Implementación y evaluación de un ensayo de PCR para la detección del agente causal de la quitridiomicosis” |
| title_fullStr | “Implementación y evaluación de un ensayo de PCR para la detección del agente causal de la quitridiomicosis” |
| title_full_unstemmed | “Implementación y evaluación de un ensayo de PCR para la detección del agente causal de la quitridiomicosis” |
| title_short | “Implementación y evaluación de un ensayo de PCR para la detección del agente causal de la quitridiomicosis” |
| title_sort | “implementación y evaluación de un ensayo de pcr para la detección del agente causal de la quitridiomicosis” |
| topic | Medicina Veterinaria Quitridiomicosis Anfibios |
| url | http://dspace.ucuenca.edu.ec/handle/123456789/33383 |
| work_keys_str_mv | AT torressarangonoemigabriela implementacionyevaluaciondeunensayodepcrparaladetecciondelagentecausaldelaquitridiomicosis |