| Resumo: | La relación simbiótica existente entre los microorganismos endófitos y las orquídeas, otorga beneficios para la germinación de las semillas. Cyrtochillum gyriferum y Elleanthus amethystiniodes Garay son especies de orquídeas epífitas pertenecientes a los bosques Andinos del Ecuador, han sido poco estudiadas, por lo que no hay información disponible sobre su cuidado y conservación, esta situación es preocupante, por la progresiva pérdida en la diversidad florística en el Ecuador. En el presente estudio se aislaron e identificaron molecularmente hongos endófitos cultivables presentes en las raíces de las orquídeas en estudio, para ello, se usaron métodos de aislamiento de hongos endófitos y la identificación molecular se realizó mediante secuenciación de la región ITS1 - ITS4 amplificada por PCR. Los productos obtenidos fueron analizados por BLAST en base a las secuencias obtenidas del NCBI. Además, se determinó la composición e índice de diversidad de las comunidades de hongos endófitos que colonizan las raíces de orquídeas epífitas mediante la separación electroforética de los amplicones generados, de la región ITS1 e ITS4, en geles de poliacrilamida con gradiente desnaturalizante (DGGE). Finalmente se evaluó el efecto fito-estimulante de los hongos endófitos cultivables aislados, en la germinación simbiótica de semillas de las mismas especies de orquídeas. Los resultados de la secuenciación mostraron que los hongos aislados pertenecen a los siguientes grupos taxonómicos: Ascomycota, Meyerozyma guilliermondii, Debaryomyces, Zygomycete, fungal y fungal endophyte. En cambio, la diversidad de las comunidades de hongos endófitos encontrada fue baja, en ambas especies en estudio. El ensayo de germinación simbiotica en Elleanthus amethystiniodes y Cyrtochillum gyriferum no evidencio efecto estimulante en ninguno de los aislados fúngicos, siendo significativamente superior el control positivo en medio Phytamax e incluso el control negativo en medio avena agar.
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