| Summary: | La gran diversidad florística de los bosques andinos del sur del Ecuador, alberga especies endémicas de orquídeas epífitas, que se desarrollan en hospederos nativos, existiendo poca información ecológica sobre las relaciones interespecíficas que se establecen entre el hospedero, la orquídea huésped y los microorganismos asociados. Este trabajo presenta los resultados del estudio de las comunidades de hongos endófitos que colonizan las raíces de las orquídeas epífitas Cyrtochilum gyriferum y Elleanthus amethystinoides al desarrollarse sobre los hospederos Ocotea infrafoveolata van der Werff y Weinmannia fagaroides Kunth. Reportamos además el aislamiento de hongos endófitos cultivables y su efecto en la germinación. Los resultados mostraron que las cepas aisladas Umbelopsis sp y Trichoderma sp, tienen un efecto promotor en la germinación de semillas de C. gyriferum, mientras que los hongos identificados como Meyerozyma sp, Fusarium sp, Mucor sp, Sistotrema sp e Ilyonectria sp promovieron la germinación de semillas de E. amethystinoides. Se evidencio además que la riqueza de la microbiota fúngica endófita presente en las raíces de C. gyriferum no se vio influenciada directamente por el forófito, mientras que los resultados en la composición de la comunidad fúngica de E. amethystinoides sugieren un posible efecto por parte del forófito.
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