| Summary: | El principal objetivo del presente Trabajo Fin de Máster (TFM) es localizar posibles
regiones candidatas con asociación a características físicas de calidad de las semillas
como el peso, el color o la presencia de hilio. Empleando para ello una caracterización
exhaustiva realizada en 1.518 accesiones de los géneros Cucurbita y Citrullus y los datos
genómicos disponibles en CuGenDB (http://cucurbitgenomics.org/).
Este objetivo general se aborda desde los siguientes objetivos específicos:
Realizar una caracterización de al menos 6 semillas por accesión en 805 accesiones
de Cucurbita spp. y 713 accesiones de Citrullus spp. Los caracteres de interés serán:
tamaño, peso y color de las semillas.
Empleando el programa Tassel5 (https://www.maizegenetics.net/tassel), contrastar
los datos fenotípicos de las 1.518 accesiones con los datos genómicos para realizar
estudios de asociación (GWAS). Por medio de los métodos General Lineal Model
(GLM) y Mixed Lineal Model (MLM) se designarán variantes con potencial
asociación con el carácter en estudio.
En caso de detectar asociación, comparar los resultados en los distintos análisis con
estudios previos con el fin de determinar la relevancia de las distintas regiones
detectadas. Empleando las anotaciones del genoma disponibles para C. pepo, C. maxima y C.
lanatus comprobar el impacto de las variantes exónicas en la proteína.
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